حدد مجلس الإدارة معايير وأسس ثابتة للصرف من الصندوق على الجامعات وهي:

– الالتزام بآلية طلب التمويل حيث يعمل الصندوق وفق خطوات محددة تستكمل مسوغاتها عند طلب كل مشروع.
– تدرس الأمانة العامة للطلب وتستكمل متطلباته ونظاميته بحسب آلية التمويل لدى الصندوق وتقوم اللجنة الاستشارية بدراسة كافة طلبات التمويل المقدمة من الجامعات والمحالة إليها من الأمانة العامة ، إلى جانب انها تقوم بتقديم رأيها الاستشاري حول أهلية طلبات تمويل مشاريع الجامعات ودراسة كافة عناصره من حيث الأولوية والقيمة العلمية والأهمية بنفس الوقت ، و تعتبر توصياتها مكوناً من مكونات طلبات التمويل المرفوعة لمجلس الإدارة.
– ترفع التوصيات لمجلس الإدارة بشأن المشروع المطلوب تمويله.
– يدرس مجلس الإدارة في اجتماعه طلب التمويل ويصدر قرار بشأنه.
– في حالة الموافقة تطالب الجامعة بمبلغ التمويل للمشروع بحسب فترة تنفيذه.