يتمتع الصندوق بشخصية معنوية وباستقلال إداري ومالي وقد حدد مجلس إدارته أهدافا عامه كإطار واسع ومستمر لتطوير قدرة الجامعات التعليمية وتنويع مواردها المالية فيما يعود بالنفع على كافة برامجها العلمية والعملية كماَ ونوعاً. إن أهداف الصندوق مثلما حددها مجلس إدارته هي:

– العناية بتطوير التعليم العالي في الجامعات وزيادة قدرتها على أداء دورها الذي يتناسب مع متطلبات التنمية.
– تنويع مصادر التمويل للجامعات وتطوير آلياته.
– زيادة الموارد الذاتية وتمكين الجامعات من المضي في ترشيد المكافآت وتنظيمها.
– استثمار الأموال بشكل كفئ وفعال لتعضيد الموارد المالية المتاحة للجامعات.
– الاستفادة من عائدات الخدمات التي تقدمها الجامعات واستيعاب إسهامات القطاعات الخاصة .