منذ إنشاء الصندوق عام 2001 م بدأت الجامعات بتحويل المبالغ التي تحققها من ترشيد مكافآت الطلاب يضاف إلى ذلك ما يحققه الصندوق من عوائد ماليه جراء استثمار جزء من إيراداته وما يقدم له من هبات وتبرعات من القطاع الخاص. ولذا فقد تم تخصيص حساب خاص لكل جامعه داخل الصندوق ترصد فيه إيراداتها ويصرف منه على متطلباتها والوفاء باحتياجاتها التمويلية المطلوبة وذلك بعد موافقة نهائية من مجلس الإدارة على طلب التمويل حيث يمر طلب التمويل بمراحل تبدأ بموافقة الجامعة ومجلسها ثم اللجنة الاستشارية بالصندوق والأمانة العامة ومن ثم يتخذ مجلس الإدارة قراراً نهائياً بشأن الموافقة من عدمها على تمويل المشروع .
بعد صدور قرار مجلس الوزراء بإعادة تنظيم المكافآت وترشيدها في قطاعات التعليم العالي ، تم تخصيص حساب خاص مستقل لكل جامعه داخل الصندوق ترصد فيه إيراداتها، ويمول لمشاريعها منه حيث يدعم متطلباتها الأساسية مما يساهم في تطوير قدرتها بما يتناسب مع متطلباتها.
لقد بلغ إجمالي ما تم توريده من قبل الجامعات للصندوق حتى نهاية 2009م ما يوازي (1,472,143,199) ريال ، كما وصرف الصندوق منذ إنشاءه حتى نهاية 2009م ما يوازي (1,002,606,348) ريال على مشاريع للجامعات فيما يخدم مسيرتها التعليمية ودعم برامجها وبنيتها الأساسية في إطار أهداف الصندوق.